Prvé múzeum v Nových Zámkoch bolo založené v roku 1936, ktorého zakladateľmi boli stredoškolský profesor Ján Thain, štábny kapitán Ludvík Albrecht, poslucháč archeológie Béla Szőke a tajomník mestského úradu Kazimír Saskó.
Pokusy o založenie múzea v Nových Zámkoch sa niekoľkokrát opakovali už od konca 19. storočia, žiaľ, všetky skončili neúspechom.
V roku 1928 bol v meste vytvorený Výbor pre zriadenie múzea, ktorý, ako sa dozvedáme zo zápisnice zo zasadnutia poslaneckej rady mesta, „nič nerobil“. Preto bol vyzvaný jeho predseda, aby v tejto veci podnikol patričné kroky. No ani po tejto výzve sa novozámocká verejnosť založenia múzea nedočkala.
Koncom 20. rokov zozbieralo niekoľko horlivých stredoškolských profesorov prevažne archeologické artefakty pre budúce múzeum, avšak ani vtedy sa plán na jeho zriadenie neuskutočnil.
Ľady sa pohli až na Veľkú noc v roku 1934, keď nadšené predstavenstvo novozámockého Klubu dievčat zorganizovalo jedinečnú výstavu pamätihodností, ktorú možno pokladať za základ neskoršieho múzea. Touto aktivitou presvedčili správu mesta, že existujú reálne možnosti na založenie tejto kultúrnej ustanovizne. Pri tejto príležitosti odzneli naliehavé a tak často opakované slová novozámockej verejnosti a milovníkov histórie: „Je hanbou pre mesto s takou historickou minulosťou, že do dnešného dňa nemá múzeum.“
Výstava bola inštalovaná v priestoroch starej Slovenskej Banky v tesnom susedstve františkánskeho kostola. Vytvorená bola zo súkromných zbierok obyvateľov mesta a na jej inštalácii sa podieľalo mnoho dobrovoľníkov a nadšencov. Pozostávala z dvoch častí: v jednej miestnosti boli vystavené exponáty etnografického charakteru - predmety ľudového umenia, religiozity, dennej potreby a kroje z okresov Nové Zámky, Komárno i Stará Ďala.
V druhej miestnosti sa nachádzali predmety historického, archeologického, numizmatického a umeleckého rázu - starožitný nábytok, orientálne zbrane, cechové listiny, knihy, archeologické nálezy z laténskeho obdobia a veľký počet mincí. Vzácnosťou bol fragment ikony z ikonostasu chrámu východného obradu. Zaujímavosťou bola zbierka pozostalostí po tragicky zahynutom novozámockom pilotovi Karolovi Kassalovi.
Významným medzníkom bol rok 1935, keď sa mesto pripravovalo na oslavy 250. výročia oslobodenia Nových Zámkov spod tureckej nadvlády. Mestské zastupiteľstvo si uvedomovalo akú dôležitú úlohu zohrali Nové Zámky v boji proti Osmanskej ríši. V tomto vedomí sa rozhodlo zorganizovať veľkolepé oslavy, hodné tohto jubilea. Popri početných cirkevných a kultúrnych akciách súčasťou osláv malo byť i otvorenie historickej výstavy a následné založenie mestského múzea. K tomu bol zostavený organizačný výbor, ktorého predsedom sa stal stredoškolský profesor Ján Thain, podpredsedom štábny kapitán Ludvik Albrecht a referentom poslucháč Béla Szőke. Veľkou pomocou a oporou im bol tajomník mestského úradu Kazimír Šaško, ktorý bol vymenovaný za hlavného organizátora mestských slávností.
Plánovanie osláv a výstavy začalo už v máji 1935, no k samotnej realizácii došlo až v júli. Kvôli časovej tiesni musel organizačný výbor upustiť od pôvodného plánu vytvoriť veľkolepú výstavu a tak sa jej obsah zameral len na pamiatky z obdobia tureckej nadvlády. Prípravy mali taký ohlas nielen doma, ale i v zahraničí, že organizačný výbor dostal mnohé jedinečné ponuky na vypožičanie zbierkových predmetov nesmiernych hodnôt. Avšak výbor sa týchto ponúk kvôli vysokým výdavkom ako preprava, clo a poistenie musel zriecť a pozornosť sústrediť len na domáce múzeá. Napr. rokovanie s riaditeľom bratislavského múzea bolo ukončené dohodou o zapožičaní 23 kusov vzácnych pamätných medailí, vydaných pri príležitosti oslobodenia Nových Zámkov spod tureckej nadvlády. Podobné rokovania boli i s múzeom v Prahe.
Organizačný výbor, vidiac vynikajúcu spoluprácu s verejnosťou pri organizovaní výstavy v roku 1934, vsadil na tú istú kartu. V regionálnej tlači vyzýval občanov, a zvlášť panstvá šľachtických kúrií, vlastniace artefakty z „tureckých dôb“, aby sa hlásili u predsedu výboru.
Novozámocká verejnosť povzbudená faktom, že bude mať vytúžené múzeum, sa s nadšením zapojila do zberateľskej činnosti, takže väčšina zbierok pochádzala (vzišla) z jej darov. Do otvorenia výstavy sa od občanov podarilo získať niekoľko sto historických predmetov. Okrem širokej verejnosti sa do zberateľskej činnosti intenzívne zapojili i členovia organizačného výboru, ktorých odmenou bolo popri vlastnom uspokojení i nemalé uznanie verejnosti, odzrkadľujúce sa na vtedajšiu dobu v nevídanej návštevnosti múzejných (muzeálnych) akcií.
Otvorenie historickej výstavy sa konalo 18. augusta 1935 za prítomnosti širokej obce múzejníkov, miestnej honorácie i občanov mesta.
Samotná výstava bola rozdelená na tri časti:
Pre potreby výstavy a neskoršieho múzea mesto vyčlenilo dve miestnosti v budove bývalej Slovenskej Banky. Predbežne boli vybudované 3 oddelenia: prehistorické, historické oddelenie so zvláštnym dôrazom na pamiatky z tureckých čias a etnografické oddelenie.
O veľkom význame múzea svedčí fakt, že novozámocký Zväz obuvníkov pri prvej výstave splnil prianie vedenia múzea, aby staré cechové pamiatky, ktoré dovtedy opatrovali, uložili do múzea. Ich príklad nasledoval aj Cech kováčov - kolárov, ktorý daroval múzeu cechovú truhlicu, listiny, zápisnice, pečate, ako aj podobizňou patróna zdobenú zástavu.
Významným krokom v rozvoji múzejníctva v Nových Zámkoch bolo odovzdanie múzejných zbierok poslaneckému zboru mesta a zároveň verejnosti 11. apríla 1936. Od tohto okamihu sa začala písať história Mestského múzea v Nových Zámkoch. Riadením múzea bol poverený Ján Thain. Múzeum a jeho správca sa živo zúčastňovali na spoločenskom živote Nových Zámkov a južného Slovenska. Nadviazali sa blízke kontakty s osvetovými pracovníkmi, s funkcionármi samosprávy, advokátmi, cirkevnými funkcionármi a spolkovými činovníkmi.
Rok 1936 sa vyznačoval intenzívnou archeologickou a etnografickou činnosťou. Medzi najvýznamnejšie úspechy múzea patril nález staromaďarského pohrebiska na pôde ovocného sadu v Nových Zámkoch, z ktorého sa podarilo zachrániť dva kompletné hroby.
Zaujímavosťou boli dvojdňové múzejné dni, ktoré pozostávali z prehliadky múzea. Tu je dôležité pripomenúť, že múzeum bolo otvorené pre verejnosť len príležitostne a to na sviatky, alebo pre vopred ohlásené skupiny.
Trvalý prírastok pamiatok vlastivedného charakteru sa objavil aj v najpreferovanejšej aktivite múzea - vo výstavách. V roku 1937 bola sprístupnená výstava rekonštruovaných staromaďarských hrobov a výstava zorganizovaná pri príležitosti 150. výročia úmrtia Antona Bernoláka. Pribúdaním darov a exponátov prevažne umeleckopriemyselného charakteru vystúpili do popredia priestorové problémy múzea. Tieto sa čiastočne vyriešili v roku 1937, kedy sa múzeum presťahovalo do budovy hotela „Zlatý Lev“ na Hlavnom námestí. Pre potreby múzea boli vyčlenené priestory na 1. poschodí, ktoré poslúžili na výstavné a expozičné účely. Nanovo zariadené múzeum bolo sprístupnené v auguste 1937 v piatich miestnostiach hotela.
O usporiadaní muzeálnych materiálov pre návštevníkov na novom mieste podáva informáciu turistická brožúra, z ktorej sa dozvedáme, že tri miestnosti obsahovali výlučne archeologický materiál, kým v ďalších dvoch miestnostiach boli uložené historické a národopisné zbierky.
Ďalším úspechom roku 1937 bola prezentácia múzea na výstave dávneho umenia Slovenska v Prahe, kde sa do vitrín dostal stredoveký materiál. V tom istom roku sa uskutočnil aj záchranný výskum na pieskových dunách nesvadského chotára.
Rok 1938 priniesol múzeu mnoho zmien. Odchod jedného zo zakladajúcich členov múzea, štábneho kapitána Ludvíka Albrechta do rodných Čiech, bol pre múzeum veľkou personálnou stratou. Rozhodnutím viedenskej arbitráže z 2. novembra 1938 pripadli Nové Zámky horthyovskému Maďarsku. Múzeum si dalo za úlohu získať ďalšie výstavné a skladové priestory, sprístupnenie materiálov na spracovanie a vedecké účely, ako i odkrytie kazemát z tureckého obdobia pod Novými Zámkami. Zároveň bol Ján Thain poverený zorganizovaním výstavy, prezentujúcej 20–ročný kultúrny a hospodársky rozvoj Nových Zámkov a okolitých maďarských obcí, teda v čase prvej ČSR.
Nárast zbierkového fondu spôsobil, že sa od roku 1939 múzeum stalo skôr skladiskom prístupným len odborníkom, ako objektom slúžiacim kultúrnej verejnosti.
V roku 1942 pri múzeu vznikol tím pre výskum Podunajskej nížiny (Kisalföldkutató Intézet), ktorý zverejnil viacero prác národopisno – historického charakteru.
Počas druhej svetovej vojny bola časť zbierok umiestnená v ústrednom protileteckom kryte, zvyšok zostal v múzeu. Avšak ničivý nálet 14. marca 1945 znamenal pre múzeum katastrofu. Letecká bomba, ktorá priamo zasiahla hotel „Zlatý lev“, v okamihu pochovala desaťročné úsilie a obetavú prácu všetkých múzejníkov. Spod ruín sa podarilo zachrániť iba časť zbierok. Tie boli následne rozmiestnené do pivnice Národnej banky, do jednej miestnosti Kurzweilovho domu i do miestnosti na Mestskom úrade. Odtiaľ sa tento materiál postupne roztratil, presnejšie rozkradol. Časť sa dostala i do rúk priateľov múzea, akými boli J. Vágovits, Nagyfalussi či Haulik, ktorí v 60. rokoch tento materiál darovali novozaloženému múzeu. Originál prírastkovej knihy bol tiež zničený, takže dnes sa už nedá presne určiť, ktoré zbierkové predmety sa dostali späť do múzea. Len podľa údajov získaných od niektorých darcov možno predpokladať, že predmety, ktoré vtedy odovzdali múzeu, pochádzali zo starej (pôvodnej) zbierky.
Veľkú personálnu stratu múzeum pocítilo odchodom ďalšieho zo zakladajúcich členov múzea Bélu Szőkeho, ktorý bol po vojne presídlený na územie Maďarska, kde bol poverený zriadením múzea v Győri.
Tragickým zánikom Mestského múzea sa skončila jedna kapitola plodnej práce a nádejnej existencie múzejníctva v Nových Zámkoch. Jeho ďalšie fungovanie a smerovanie už prebiehalo v úplne nových spoločenských, politických a ideologických podmienkach.
Zmeny na politickej scéne od r. 1948 prenikali do múzea najmä zo strany politickej vrchnosti, ale čoraz viac sa nové prúdy ujímali aj v odborných organizáciách múzeí na Slovensku. Po direktívnom nahradení starých expozícií novými došlo k prvým pokusom o reštrukturalizáciu zbierkového fondu. Vlastiveda v múzeu začala naberať iné dimenzie.
V dôsledku týchto trendov, ako i z dôvodu regionálnej potreby bola v roku 1956 obnovená činnosť múzea v Nových Zámkoch ako pobočky Krajského nitrianskeho múzea v Bojniciach.
Čas veľkých plánov a predsavzatí, ale zároveň i čas neistôt a tragických presunov vo vnútri spoločnosti vyvrcholili v 70-tych rokoch tzv. politickou konsolidáciou. Činnosť múzea sa upriamila na postupné kvalitatívne pretvorenie a kvantitatívne budovanie v spoločensky účinnú kultúrnu ustanovizeň so špecifickým profilom i zameraním. Múzeum sa z hľadiska svojho prvoradého poslania zameralo na zber a záchranu predmetov muzeálneho charakteru v obvode svojej pôsobnosti.
Opravou a údržbou historickej budovy františkánskeho kláštora v Nových Zámkoch sa vytvorila základná podmienka na uskladnenie novozískaného, hlavne národopisného materiálu. Depozitár bol z Nových Zámkov presťahovaný do priestorov bývalého pavlínskeho kláštora na Mariánskej Čeľadi v katastri obce Veľké Lovce. Nevýhodou vysunutého depozitára bola jeho excentrická poloha a nedostupnosť objektu najmä v zlom počasí, ku ktorému viedli len poľné a lesné cesty. Archeologické zbierky boli uložené v budove novozámockého gymnázia.
V roku 1970 bola otvorená expozícia „Pravek novozámockého okresu“. V rokoch 1970 – 1974 sa v spolupráci s FiFUK v Bratislave a s renomovanými maďarskými etnografmi uskutočnil národopisný výskum v okrese Nové Zámky.
Fotografovaním akvizícií súvisiacich s výstavami „50 rokov KSČ“ a „Anton Bernolák, život a dielo“, bol založený foto archív, ktorý v roku 1971 obsahoval 2 516 negatívov.
Múzeum naďalej zápasilo s personálnymi a priestorovými problémami. V roku 1972 sa uvoľnilo miesto riaditeľa, ktoré následne nebolo obsadené až 3 roky. Okrem toho neboli obsadené ani miesta odborných pracovníkov. Preto múzeum nevykonávalo vedecký výskum, sústreďovalo sa iba na zberateľskú činnosť. V tomto období sa podarilo získať vzácne predmety ako pianíno, fiaker, historické listiny, kompletnú dielňu na spracovanie trstiny a časť obuvníckej dielne.
Pre výstavné účely bola vyhradená časť chodby vlhnúceho františkánskeho kláštora. Múzeum bolo naďalej bez konzervátorskej dielne.
Do funkcie riaditeľa novozámockého múzea nastúpil v roku 1975 pedagóg Štefan Vida. Nastúpili prví odborní pracovníci, vybudovala sa nová fotokomora, konzervátorská dielňa a rozšírili sa výstavné priestory. V tom roku bol múzeu daný k dispozícii celý objekt františkánskeho kláštora, čo umožnilo už v nasledujúcom roku otvoriť expozície s názvami „Robotnícke hnutie a revolučné tradície v okrese Nové Zámky“ a „Archeologická expozícia“.
Výtvarné výstavy sa v r. 1977 premiestnili do výstavnej siene na Prednádraží. Túto činnosť neskôr prevzala novozriadená Galéria umenia v Nových Zámkoch. Expozičná činnosť bola v rokoch 1978 až 1989 ukončená v dôsledku rekonštrukcie františkánskeho kláštora. Táto rekonštrukcia priniesla so sebou mnohé organizačné zmeny. Kancelárie boli presťahované do náhradných priestorov na vtedajšej Hurbanovej ulici. Expozície „Robotnícke hnutie ...“ a „Sieň družby“ boli umiestnené v budove OV KSS. Ostatná výstavná činnosť sa realizovala v priestoroch Domu odborov. Knižný fond múzea, ktorý koncom 70-tych rokov obsahoval 5 700 kusov bol umiestnený v obciach Veľká Maňa a Komoča. Neskôr ho previezli na OV KSS v Nových Zámkoch, kde na vybalenie čakal až do roku 1993.
V roku 1979 múzeum nadviazalo družobné styky s Jihomoravským múzeom v Znojme. Táto spolupráca spočívala vo vzájomnej výmene výstav a trvala do 80. rokov 20. storočia.
Začiatkom roku 1981 bol múzeu udelený štatút platný od 1. februára 1981. Na jeho základe sa Okresné múzeum v Nových Zámkoch stalo špecializovaným pracoviskom so zameraním na výskum problematiky protitureckého odboja na západnom Slovensku. S týmto priamo súvisel výskum rozšírenia tureckej keramiky a medených výrobkov na Slovensku, ktorý múzeum uskutočnilo v rokoch 1989 – 1993. V tom istom roku bola ukončená adaptácia účelovej budovy (depozit) v Ondrochove.
Významným krokom v edičnej činnosti múzea bolo v roku 1983 začatie vydávania vlastivedného zborníka „Castrum Novum“, ktorý obsahuje príspevky národopisného, historického a archeologického charakteru v slovenskom i maďarskom jazyku.
Situácia po 17. novembri 1989, po páde totalitného režimu si vyžiadala aj zmeny v rezorte kultúry. V dôsledku reorganizácie štátnej správy a zániku okresných národných výborov prestalo byť Vlastivedné múzeum v Nových Zámkoch v riadení ONV a dňom 1. januára 1990 prešlo do riadenia Ministerstva kultúry SR. Zmeny v spoločnosti si vyžiadali aj zmeny v obsahovej stránke už existujúcich expozícií. V januári 1990 sa demontovali dve vysunuté expozície.
K ďalšej zmene patrila aj reštitúcia cirkevného majetku, na základe ktorej sa novorekonštruovaná budova františkánskeho kláštora dostala do pôvodných rúk – Rádu sv. Františka. Noví majitelia v roku 1992 prenajali časť svojich priestorov pre potreby múzea.
V roku 1994 otvorilo múzeum v týchto priestoroch tri nové expozície - „Pamätná izba Antona Bernoláka“, „Pamätná izba Gergelya Czuczora“ a „Národopisná expozícia“.
V roku 2002 bol múzeu pridelený tzv. „Kleinov dom“, ktorý dnes slúži na expozičné a výstavné účely.
Múzeum Jána Thaina v Nových Zámkoch patrí medzi päť múzeí Nitrianskeho samosprávneho kraja. V súčasnosti má múzeum 14 zamestnancov, z toho štyroch odborných pracovníkov (historička starších dejín, historik novších a najnovších dejín, etnograf, archeológ).
Základom činnosti múzea je výskum a dokumentácia novozámockého regiónu v príslušných vedných odboroch a predovšetkým tvorba, odborné spracovanie, ochrana zbierok ako i prezentácia kultúrneho dedičstva. Múzeum verné tradíciám zakladateľov pokračuje v zberateľskej a vedeckovýskumnej činnosti, ktoré patria k najdôležitejším faktorom pri jeho práci pri procese poznania a dokumentovania rozvoja spoločnosti regiónu.
Rovnako i na poli prezentačnom múzeum pokračuje v organizovaní prednášok, besied a tvorivých dielní z rôznych oblastí. Múzejno-pedagogické snahy sa prejavujú v organizovaní sprievodných akcií k aktuálnym výstavám. Toto si vyžaduje aktívnu spoluprácu najmä so školskými zariadeniami a inými kultúrnymi inštitúciami. Našim cieľom je vychovať mladú generáciu milovníkov múzeí a kultúry vôbec, ktorým osud kultúrneho dedičstva nebude ľahostajný.