Okresné múzeum začalo zriaďovať knižnicu v roku 1957 keď vtedajší riaditeľ požiadal nadriadený orgán ONV odbor školstva a kultúry v Nových Zámkoch o presun finančných prostriedkov na zakúpenie kníh a periodík zo Slovenskej knihy, n. p., Nitra -Antikvariát.
Knižný fond múzea sa z roka na rok zveľaďoval bez systematického uloženia. V roku 1971, keď Okresné múzeum získalo ďalšie priestory v budove františkánskeho kláštora, knihy boli uložené systematicko-poradovým spôsobom. Pôvodné záznamy boli prepísané do nových prírastkových zoznamov a knihy boli označené novým prírastkovým číslom a signatúrou. Po vykonaní inventarizácie knižného fondu bol zistený skutočný počet a stav kníh. Z celého fondu bola vyčlenená regionálna časť v počte 182 ks a tá bola následne presunutá do regionálnej knižnice. Stav knižnice k 31.12.1971 bol 3 724 kusov.
V roku 1975 bola knižnica zo suterénu kláštora presunutá na poschodie, kde sa pre ňu vytvorili nové priestory. Stav knižného fondu sa naďalej rozširoval. V tomto roku dosiahol počet 4 997 kusov.
Z dôvodu začatia rekonštrukcie budovy kláštora v roku 1978 sa múzeum z kláštora muselo vysťahovať. Knihy boli zabalené a uložené do depozitu, kde sa nachádzali až do roku 1992.
Po ukončení rekonštrukcie budovy v roku 1993 sa múzeum vrátilo do vynovených priestorov františkánskeho kláštora. Zabalené knihy sa opäť dostali na knižné regály. V tomto období bola zriadená ústavná knižnica múzea so študovňou pre 6 osôb.
Pred skončením nájomnej zmluvy vo februári 2002 bol knižný fond v počte 8 644 kusov znovu zabalený a premiestnený z kláštora do vlastnej budovy na Pribinovej ul. 6. Knižnica je usporiadaná v dvoch menších miestnostiach so študovňou pre 2 osoby.
Vychádzajúc z potrieb a požiadaviek je knižný fond každoročne dopĺňaný novými titulmi z poskytnutých finančných prostriedkov určených na nákup alebo darovaním či výmenou z iných múzeí.
Väčšia časť kníh je písaná v jazyku slovenskom, maďarskom a českom. Okrem nich sú tu aj knihy písané po rusky, anglicky, francúzsky a iné. Ku koncu kalendárneho roka 2007 knižný fond obsahoval 9 070 knižných jednotiek.
Väčšia časť odborných kníh sa nachádza u odborných pracovníkov v ich príručných knižniciach, kde im slúži ako študijný materiál. Sú to predovšetkým príručky pre spracovanie muzeálnych zbierkových predmetov, vedecké a odborné knihy, časopisy, encyklopédie a publikácie z histórie, archeológie a národopisu.
Evidencia kníh je zaznamenaná v knižnici v Prírastkovom zozname kníh. Knihy sú spracované na menných katalogizačných lístkoch, ktoré sú zatiaľ zoradené len podľa prírastkových čísiel. Knihy sú vyložené na knižných regáloch tiež podľa prírastkového čísla. Evidencia knižného fondu je postupne spracovaná prostredníctvom databázového programu.
Knižnica slúži predovšetkým pracovníkom múzea. Po splnení istých podmienok poskytujeme aj možnosť prezenčnej výpožičky dokumentov v rámci priestorov múzea študentom, obecným kronikárom, bádateľom, učiteľom a podobne. Pred vstupom do knižnice je potrebné zaslať písomnú žiadosť na riaditeľstvo MJT na umožnenie vstupu a uviesť v nej požadovanú knihu a termín návštevy.